L'imagerie 3D d'échantillons intacts de grande taille, comme des organes ou des organismes entiers, est rendu possible grâce aux techniques de transparisation (tissue clearing). Nous proposons cet atelier qui présentera la transparisation CUBIC, qui emploie des solutions aqueuses simples de mise en œuvre. Nous présenterons des techniques de montage d'échantillons à l'aide de supports fait maison par impression 3D, qui rendent possible leur observation entière à 360°. Nous utiliserons pour la partie pratique de l’atelier, l'étude du système sérotoninergique du cerveau de souris, et montrerons à titre d’exemple, l’application sur d'autres organes de mammifère (ovaire, placenta) ou encore, des organoïdes intestinaux. La reconstruction du volume de l'échantillon à partir de la pile d'images acquise au microscope à feuille de lumière est également un challenge et nous discuterons de manière comparative des possibilités de traitement d'images à l'aide d'outils open source ou des logiciels propriétaires. Keywords: Tissue Clearing, CUBIC, Lightsheet Microscopy, Brain, Placenta, Ovary, Organoids, Custom Sample Mounting.